Les élections municipales se sont achevées. Les fonctionnaires territoriaux ont potentiellement un nouvel employeur. Certains agents auront une sensibilité ou des idées politiques très différentes de leur nouvel employeur. Plus généralement, l’ensemble des agents peut être concerné.
Nous allons voir dans cet article ce qu’est le devoir d’obéissance. Qu’en est-il juridiquement ? Les fonctionnaires peuvent-ils vraiment refuser d’appliquer les mesures décidées par leurs employeurs comme on peut l’entendre ?
Article extrait de Décodage n° 49 | Mai 2026
Qu’est-ce que le devoir d’obéissance des fonctionnaires ?
Les agents sont soumis à un strict devoir d’obéissance hiérarchique, qui les oblige à mettre en œuvre les mesures décidées par leurs supérieurs sans pouvoir faire valoir de clause de conscience.
Le fonctionnaire doit obéir à ses supérieurs hiérarchiques
La loi prévoit que l’agent doit se conformer aux instructions de son supérieur hiérarchique (Article L121-10 du Code général de la fonction publique).
Seuls certains agents aux statuts particuliers comme les magistrats ou les enseignants-chercheurs disposent d’une indépendance qui les dispense d’obligation d’obéissance.
Les fonctionnaires sont donc astreints à un strict devoir d’obéissance hiérarchique. Cette obligation s’applique aussi à l’ensemble des agents contractuels de la fonction publique.
Les agents ne peuvent pas faire valoir de clause de conscience
La clause de conscience est la possibilité pour tout individu de refuser de réaliser ou de participer à un acte, une action, autorisé(e) par la loi mais contraire à ses convictions personnelles ou professionnelles, religieuses, éthiques ou morales.
La clause de conscience politique n’existe pas dans la fonction publique, une clause de conscience spécifique s’appliquer dans un seul cas : le refus pour un médecin de pratiquer une interruption volontaire de grossesse (IVG).
Il arrive pourtant qu’un agent se trouve devant le dilemme de ses convictions personnelles et de ses obligations statutaires.
Un agent qui ne serait pas d’accord avec la politique de son employeur ne pourrait donc pas faire valoir une clause de conscience pour refuser d’appliquer les mesures.
Qu’est-ce que le devoir de désobéissance des fonctionnaires ?
Depuis le régime de Vichy, les fonctionnaires peuvent désobéir dans le cas où un ordre donné est manifestement illégal et que cet ordre est de nature à compromettre gravement un intérêt public.
La loi confère aux agents un droit, et même un devoir, de désobéissance dans certaines circonstances.
Cette exception se retrouve dans une jurisprudence du Conseil d’État (CE, 27 mai 1949, Arasse, n° 93122) datant du régime de Vichy.
L’agent doit ainsi désobéir à son supérieur hiérarchique (Article L121-10 du Code général de la fonction publique) :
- Dans le cas où un ordre donné est manifestement illégal.
- Et que cet ordre est de nature à compromettre gravement un intérêt public.
Ces deux conditions cumulatives sont appréciées par le juge mais sont très rarement retenues.
Ainsi une simple illégalité n’est pas suffisante pour donner le droit au fonctionnaire de désobéir, il faut aussi que l’ordre compromette gravement un intérêt public.
Un désaccord politique sera donc impossible à justifier.
Enfin, le droit de retrait dont dispose chaque agent dans une situation présentant un danger grave et imminent pour sa vie, sa santé physique ou mentale ne pourra pas être invoqué pour refuser d’appliquer des mesures prises par son employeur.
Quelle est la conséquence de la désobéissance illégale d’un agent ?
Dans l’hypothèse d’un refus d’obéissance, l’agent s’expose à des sanctions disciplinaires pouvant aller jusqu’à la révocation.
L’agent n’aura d’autres choix que de démissionner de la fonction publique s’il ne s’estime pas en mesure d’appliquer les ordres de son supérieur ou le programme d’un futur gouvernement.
