Fonction publique : Congés en Maladie Ordinaire, Congés Longue Maladie, Congés Longue Durée, Congés Grave Maladie

Le congé maladie ordinaire (CMO)

Lorsque l’on est en activité ou en détachement, fonctionnaire ou contractuel, il est possible d’être placé en CMO quand une maladie ou un accident survenu sans lien avec le travail met l’agent dans l'impossibilité d'exercer ses fonctions. Depuis le 1er mars 2025, un agent ne touche plus 100 % mais 90 % de son traitement indiciaire.

Procédure

Signaler à l’employeur l’impossibilité de se rendre au travail le plus rapidement possible ainsi qu’un avis d'arrêt de travail dans les 48 heures en transmettant les volets n° 2 et 3 de l'arrêt de travail.

Le volet n° 1 doit être présenté au médecin agréé de l'administration en cas de contre-visite ou de tout autre examen médical. L’employeur n’a pas à connaître la raison de l’arrêt !!

La durée du congé de maladie peut être d'un an maximum pendant une période de douze mois consécutifs.

Impact sur la rémunération

Les 90 premiers jours, la rémunération sera identique pour tous les fonctionnaires. En revanche les mois suivants il y a aura une prise en charge différente.

En plus d’un jour de carence (il n’y a pas de jour de carence lors d’un CMO en cas de grossesse déclarée), le traitement indiciaire brut sera de 90 % pendant trois mois, puis de 50 % pendant 9 mois.

Le jour de carence ne s'applique pas lors du 2^e arrêt de travail si vous n'avez pas repris le travail plus de 48 heures entre 2 congés de maladie accordés pour la même affection. Il faut que le médecin prescripteur ait coché la case prolongation.

Les différents éléments de rémunération :

Éléments de rémunération	Conditions de versement pendant 90 jours	Conditions de versement pendant 9 mois
Indemnité de résidence (IR)	100 %	100 %
Supplément familial de traitement (SFT)	100 %	100 %
Nouvelle bonification indiciaire (NBI)	90 %	50 %
Primes et indemnités	Pour la FPE : 90 % les 3 premiers mois puis 50 % les 9 mois suivants. Pour la FPH : L’Indemnité de Sujet Spéciale (ISS) versée à 90 % les 3 premiers mois puis 50 % les 9 mois suivants. Pour la FPT : Les conditions de suspension ou de maintien des primes et indemnités sont fixées par une délibération de l’employeur. Mais selon le "principe de parité", elles ne pourront pas être plus favorables qu’à la FPE.

Le passage du traitement de 90 % à 50 % se fait automatiquement à partir du 91e jour sur une année glissante et non une année civile. On prend en compte la date du premier jour d’arrêt.

En fonction du versant de la fonction publique dont l’agent dépend, la procédure sera différente pour toucher un complément de rémunération :

Dans la fonction publique d’État, les agents devront prendre une protection sociale complémentaire privée pour compenser cette perte de salaire entre le 4e et le 12e mois. L’adhésion à un contrat de groupe peut être négociée en CSA mais n’est pas obligatoire.
Dans la fonction publique Hospitalière :
- Pour les agents hospitaliers affiliés au CGOS (Comité de Gestion des Œuvres Sociales), il y a une compensation du CGOS entre 44 et 46 % en fonction du point d’indice pendant une durée de 5 mois. Certaines mutuelles intègrent une prise en charge spécifique les trois derniers mois restants.
- Pour les agents hospitaliers de l’Assistance Hôpitaux de Paris affiliés à l’AGOSPAP. (Association pour la Gestion des Œuvres Sociales des Administrations Parisiennes) aucune prise en charge n’est prévue par l’association.
Dans la fonction publique Territoriale, la souscription individuelle labellisée avec une participation de l’employeur ou un contrat de groupe dépendra des négociations en CST.

Il sera important pour le représentant du personnel d’expliquer aux agents la nécessité de souscrire à une protection sociale complémentaire avant un CMO pour éviter les pertes de salaire et les difficultés financières lors d’arrêt de plus de 90 jours. Comme il s’agit d’organismes privés, souvent avec un délai de carence d’un an, l’agent ne pourra donc pas recevoir instantanément le complément s’il y souscrit juste avant ou pendant son arrêt.

Pour les agents contractuels, le médecin remet le volet n° 3 destiné à l’administration et l’agent transmet lui-même les volets n° 1 et 2 à la CPAM.

Dans la FPE: Le congé de maladie est rémunéré par l’administration si l’agent a au moins 4 mois d’ancienneté, il reçoit son traitement indiciaire, ses primes, Dans les mêmes proportions qu’un fonctionnaire d’État. Les agents ayant moins de 4 mois d’ancienneté sont payés directement par la CPAM avec 3 jours de carence.
Dans la FPH et la FPT: le montant de la rémunération dépend de l’ancienneté

Ancienneté	Conditions de versement
Moins de 4 moins	Indemnités de la CPAM avec 3 jours de carence
Après 4 mois de services	30 jours à 90 % et 30 jours à ½ traitement
Après 2 ans de services	30 jours à 90 % et 60 jours à ½ traitement
Après 3 ans de services	30 jours à 90 % et 90 jours à ½ traitement

L’agent qui ne peut pas bénéficier de ses congés annuels en raison de son CMO aura une partie qui sera reportée. L’agent contractuel arrivant en fin de contrat aura quant à lui ses jours de congés non pris rémunérés.

Le report de congés (CMO, CLM, CLD, CGM)

Les congés annuels sont accordés du 1^er janvier au 31 décembre.

L’agent qui n’a pas pu prendre tout ou partie de ses congés annuels en raison d'une absence prolongée pour raison de santé verra ses congés annuels non pris automatiquement reportés. Le report automatique est de 4 semaines de congés sur une période de 15 mois maximum.

Ainsi, les congés non pris de l'année N peuvent être reportés jusqu'au 31 mars de l'année N + 2. S'ils ne sont pas pris au cours de cette période de 15 mois, ils sont perdus et ne peuvent pas donner lieu à indemnisation.

Le Congé Longue Maladie (CLM)

Un fonctionnaire titulaire ou stagiaire pourra demander à être placé en CLM.

Pour cela, il faut être atteint d'une maladie qui :

Met dans l'impossibilité d'exercer ses fonctions
Rend nécessaires un traitement et des soins prolongés
ET présente un caractère invalidant et de gravité confirmée.

Les maladies ouvrant droit à un CLM sont fixées par arrêté.

Exemples : Maladies cardiaques et vasculaires, suite à un accident vasculaire cérébral, sclérose en plaques, rhumatismes chroniques invalidants… Toutefois, cette liste n'est pas limitative : un CLM peut être accordé pour d'autres maladies après avis du conseil médical (exemple burn-out).

La durée du CLM est de 3 ans maximum, il peut être utilisé de façon continue ou discontinue et accordé ou renouvelé par périodes de 3 à 6 mois. Si un agent a obtenu un CLM de 3 ans, vous ne pouvez bénéficier d'un nouveau CLM qu'à la condition d'avoir repris vos fonctions pendant au moins 1 an.

Procédure pour passer en CLM

Vous devez adresser à votre employeur une demande de CLM, accompagnée d'un certificat médical de votre médecin traitant. La mise place d’un CLM est prononcée après avis favorable du conseil médical en formation restreinte.

On peut être accompagné par une personne de son choix à toutes les étapes de la procédure.

Si la demande d’un CLM pendant un congé de maladie et qu’il est accepté, la date de début de votre CLM est la date de la 1^re constatation médicale de votre maladie. Le CMO sera requalifié en CLM. Attention dans la FPH : Si un agent (en CMO entre 4 et 9 mois donc compensé par le CGOS) passe en CLM, un rappel de traitement sera effectué par l’employeur. L’aide sociale versée par le CGOS sera à rembourser :

Si l’établissement a une convention avec le CGOS, c’est l’établissement qui remboursera le CGOS directement,
Si l’établissement n’a pas de convention avec le CGOS c’est l’agent qui devra s’occuper du remboursement.

Dans les 2 cas, il faudra vérifier les montants déclarés à l’administration fiscale car le rappel de traitement par l’employeur est parfois ajouté au versement CGOS sur la déclaration.

Demande de renouvellement

Au cours de la 1^re année de CLM, le renouvellement du CLM est prononcé à la demande de l’agent sans la saisie du conseil médical. La demande doit être accompagnée d'un certificat médical du médecin généraliste indiquant que le congé initialement accordé doit être prolongé et précisant la durée de cette prolongation.

Lorsque vous demandez la prolongation de votre CLM au-delà d'un an, elle est prononcée après avis du conseil médical.

Les différents éléments de rémunération :

Éléments de rémunération	Condition de versement
Traitement indiciaire	FPE : 100 % pendant un an, puis 60 % les 2 années suivantes FPH et FPT : 100 % pendant un an, puis 50 % les 2 années suivantes
Indemnité de résidence	100 % pendant toute la durée du CLM
Supplément familial de traitement (SFT)	100 % pendant toute la durée du CLM
Nouvelle bonification indiciaire (NBI)	FPE : 100 % pendant un an, puis 60 % les 2 années suivantes tant que vous n'êtes pas remplacé dans vos fonctions FPH et FPT : 100 % pendant un an, puis 50 % les 2 années suivantes tant que vous n'êtes pas remplacé dans vos fonctions
Primes et indemnités	FPE et FPT : 33 % pendant un an, puis 60 % les 2 années suivantes FPH : Indemnité de sujétion spéciale (ISS) : 100 % pendant un an puis 50 % les 2 années suivantes

Le temps passé en CLM est sans effet sur les droits à l’avancement (échelon et grade) et à la promotion interne, ni sur la retraite mais ne donne pas droit à des RTT.

Lorsque le CLM a été pris pendant la durée maximum des 3 ans, la reprise des fonctions est soumise à l'avis favorable du conseil médical. Si le Conseil médical émet un avis défavorable pour la reprise de fonction, il y aura la mise en place d’une procédure de reclassement, de mise en disponibilité ou d'admission à la retraite.

L’agent qui ne peut pas bénéficier de ses congés annuels en raison de son CLM en aura une partie reportée.

La deuxième année de son CLM, l’agent passera automatiquement en demi-traitement. De nouveau l’importance de rappeler la souscription à une protection sociale complémentaire pour compenser la perte de salaire dans la FPE, FPT et la FPH de l’APHP.

Dans la FPH rattachée à la CGOS, il y a une compensation de la CGOS des 5 premiers mois de la deuxième et troisième année.

Le Congé Longue Durée (CLD)

Si l’agent titulaire ou stagiaire est en activité ou en détachement, il peut demander à être placé en congé de longue durée (CLD) s’il est atteint par l'une des maladies suivantes et dans l'impossibilité d'exercer vos fonctions :

Affection cancéreuse
Déficit immunitaire grave et acquis
Maladie mentale
Tuberculose
Poliomyélite.

Les maladies ouvrant droit à un CLD sont fixées par arrêté.

La durée maximale du CLD est fixée à 5 ans et il ne peut être accordé qu’une seule fois par pathologie. La procédure d’accord identique à un CLM.

Les différents éléments de rémunération vous sont versés dans les conditions suivantes :

Éléments de rémunération	Conditions de versement
Traitement indiciaire	100 % pendant 3 ans, puis 50 % les 2 années suivantes
Supplément familial de traitement (SFT)	100 % pendant toute la durée du CLD
Indemnité de résidence	100 % pendant toute la durée du CLD
Nouvelle bonification indiciaire (NBI)	Elle n'est plus versée
Primes et indemnités	Elles ne sont plus versées

La quatrième année et cinquième année de son CLD, l’agent passera automatiquement en demi-traitement. De nouveau l’importance de rappeler la souscription à une protection sociale complémentaire pour compenser la perte de salaire dans la FPE, FPT et la FPH de l’APHP.

Dans la FPH rattachée à la CGOS, il y a une compensation de la CGOS des 5 premiers mois de la quatrième et la cinquième année.

Si vous ne pouvez pas bénéficier de vos congés annuels en raison de votre CLD une partie de vos congés annuels peut être reportée.

Les périodes pendant lesquelles vous êtes en CLD ne vous donnent pas droit à des RTT.

Lorsque l’agent a été en CLD pendant la durée maximum de 5 ans, la reprise de fonctions est soumise à l'avis favorable du conseil médical. S’il émet un avis défavorable, il y aura la mise en place d’une procédure de reclassement, de mise en disponibilité ou d'admission à la retraite.

Le Congé Grave Maladie (CGM)

Un agent contractuel en activité en CDD ou en CDI et justifiant d'au moins 4 mois de services pour la FPE et 3 ans de services pour la FPH et FPT peut demander à être placé en congé de grave maladie.

Pour cela il faut être atteint d'une maladie :

mettant dans l'impossibilité d'exercer son activité
nécessitant un traitement et des soins prolongés
et présentant un caractère invalidant et de gravité confirmée.

La demande de CGM, accompagnée d'un certificat médical d’un médecin traitant, est à faire auprès de l’employeur. Elle est prononcée après avis du conseil médical restreint.

Toutefois, si l’agent quitte définitivement la fonction publique sans avoir repris ses fonctions, il bénéficiera d'une indemnité compensatrice de congé équivalente à 4 semaines de congés.

Pour conclure, les représentants du personnel auront un rôle important de conseil, d’information et d’anticipation pour éviter qu’un agent malade, passe à demi-traitement après trois mois d’arrêt maladie et se retrouve en difficulté financière. Il existe de nombreux congés maladie, avec des modalités différentes en fonction du versant dont il dépend. Il sera utile d’orienter les agents au mieux pour qu’ils puissent directement demander le congé qui correspond au mieux à sa pathologie et son état de santé.

Zoom sur l’actualité

Depuis de nombreuses années, nous entendons parler d’une prise en charge de l’employeur d’une partie de la prévoyance (mutuelle) et de la protection sociale complémentaire (garantie maintien de salaire pendant un CMO de plus de 90 jours)

Au 1^er janvier 2025, la prise en charge d'une partie de la protection sociale complémentaire par contrat de groupe ou contrat individuel pour la FPE et la FPT est devenue obligatoire.

Pour la prévoyance :

Dans la FPE, le décret n° 2025-466 du 27 mai 2025 relatif à l'adhésion obligatoire au contrat collectif de prévoyance a clarifié la situation.
Dans la FPT, le 2 juillet 2025, les sénateurs ont reporté au 1^er janvier 2029 le projet de généralisation des contrats collectifs à adhésion obligatoire souscrits au titre de la prévoyance.
Dans la FPH, rien n’est prévu.

Beaucoup de négociations sont en cours dans les différents CSA ou CST. Il faudra veiller à deux choses :

Empêcher que l’employeur ne prenne un Assistant de Maitrise d’Ouvrage (AMO), c’est l’équivalent d’un courtier. Il sera payé par l’employeur mais en plus prendra un pourcentage sur les cotisations payées par les agents.
Le choix du prestataire. Il s’agit de marché important de nombreux fonds de spéculations, fonds de pension… se positionnent pour remporter les marchés. La première année, ils affichent des prix concurrentiels puis augmentent les tarifs les années suivantes. Certains de ces courtiers vont même jusqu’à arrêter le contrat, quand il n’est plus assez rentable, les agents se retrouvent sans prévoyance ou sans protection sociale. Les agents territoriaux de Saint-Étienne ou Lorient en ont fait l’amère expérience.
Autre exemple avec les agents de Bercy. L’intersyndicale a déposé un préavis de grève pour protester contre le choix unilatéral de l’État d’imposer un courtier surendetté pour la prise en charge prévoyance et de la protection sociale complémentaire.

Le gouvernement explique qu’il s’agit d’un progrès social mais il n’en est rien. C’est un nouveau marché de 5.7 millions de clients que les grands groupes d’assurance vont se partager. C’est la suite logique de la casse de la sécurité sociale.